En complément des solutions mécaniques de traitement des boues, d'autres technologies peuvent être mises en œuvre pour une optimisation en amont des filières boues. Par exemple, certaines solutions biologiques in situ visent à réduire la production même de boues en stabilisant les milieux avant la filière boues. À l'image de la technologie de Drausy, qui assure une aération fine et continue au fond des bassins ou des zones humides.
Les avantages sont à la fois la réduction de la formation de boues envoyées vers les étapes de traitement, grâce au milieu stabilisé (moins de phénomènes anaérobies, moins de matières volatiles générées), la limitation de la remise en suspension et de la relibération des nutriments – cela diminue la charge entrante dans les filières d'épaississement et de déshydratation, des processus anaérobies générateurs de matières volatiles, et l’amélioration de la stabilité biologique des ouvrages situés en amont, ce qui réduit indirectement les besoins en réactifs et la variabilité des boues.
