La lagune de Khnifiss a été étudiée d'un point de vue hydrochimique et courantologique lors d'une campagne océanographique en septembre 1998. Sept stations ont fait l'objet de mesures et d'analyses des paramètres de l'eau (température, salinité, oxygène dissous, nitrates, phosphates et chlorophylle??a??) et deux stations pour la mesure des courants à l'intérieur de la lagune. L?étude se propose de dresser un premier bilan de fonctionnement de cet écosystème. Les résultats ainsi obtenus ont permis de présenter les caractéristiques essentielles de ce milieu parallique. Il ressort donc que cette lagune est sous la dépendance des influences océaniques générées par le courant de marée alternatif. Par contre, les influences continentales sous forme d'apports en eaux douces, sont quasiment absentes en période estivale, ce qui traduit des taux élevés de certains paramètres du milieu, notamment la salinité des eaux pendant le jusant. De même, la réserve nutritive et la biomasse chlorophyllienne sont en relation avec le phénomène de remontées d'eaux au large (Upwelling) qui se produit en été dans la zone Sud du Maroc.
