La maîtrise de la pollution diffuse d'origine agricole nécessite d'importants efforts de recherche, qui doivent porter aussi bien sur les méthodes de dosage des contaminants dans le milieu naturel, que sur les méthodes de traitement de ces contaminants dans les filières de potabilisation, ou sur l'élaboration d'outils permettant d'orienter des politiques de prévention en matière de pratiques agricoles.
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