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Les eaux marines européennes couvrent environ 3 millions de km², soit une superficie équivalant à la totalité des terres émergées d'Europe. Bien que certains textes contribuent indirectement à leur protection, rien n'avait été fait jusqu'ici pour protéger les milieux marins. Une lacune palliée par la récente adoption par le Parlement européen d'une directive relative à leur protection.

Les écosystèmes marins jouent un rôle déterminant dans la formation des profils météorologiques et climatiques. Ils sont aussi une source importante de biodiversité dont la conservation est indispensable à l'équilibre des régions maritimes comme de l'Union européenne dans son ensemble. Mais en Europe comme ailleurs, les milieux marins se détériorent rapidement. La liste des pressions qui s'exercent sur les ressources naturelles marines est longue : déversements d'hydrocarbures, exploitation pétrolière et gazière, introduction de substances dangereuses liées au transport maritime, surpêche, enrichissement en substances nutritives d'origine agricole, eaux résiduaires urbaines non traitées, etc' La Commission a donc proposé en octobre 2005, une stratégie visant à établir un cadre global destiné à protéger les milieux marins, assez proche dans son principe comme dans ses modalités de l'approche adoptée par la directive cadre sur l'eau. Objectif : parvenir à des eaux marines écologiquement saines d'ici 2020. Comment ? En créant des régions et des sous-régions marines gérées par les États membres de manière intégrée, sur la base de critères environnementaux partagés. C?est tout l'objet de cette directive adoptée par le Parlement européen qui oblige les États membres à veiller à ce que les eaux marines de l'Union européenne soient écologiquement saines d'ici 2020 au plus tard. Les États membres devront coopérer pour établir des stratégies marines pour les eaux de chaque région marine. Chaque stratégie marine consiste en un plan d'actions à mettre en ?uvre en plusieurs étapes. Les États membres devront d'abord évaluer l'état de l'environnement et les principales pressions dans leurs régions marines respectives, puis déterminer ce qui peut être considéré comme un « bon état écologique », avant d'établir des objectifs, des indicateurs et des programmes de surveillance. Des programmes de mesures devront être élaborés d'ici 2015 afin que l'objectif d'un bon état écologique puisse être atteint d'ici 2020. Les États membres partageant une région marine devront coopérer afin que leurs stratégies soient cohérentes et coordonnées. Ils devront également coordonner leurs activités avec les pays non membres de l'UE d'une même région marine. Les stratégies marines appliqueront une approche fondée sur les écosystèmes et la gestion des activités humaines afin que la pression de ces activités soit maintenue à des niveaux acceptables et compatibles avec le respect de l'intégrité des eaux marines. Stavros Dimas, membre de la Commission chargé de l'environnement, s'est félicité de cette adoption : « Il est absolument vital pour l'Union européenne de protéger ses eaux marines et d'assainir ses mers et océans. Cela exige une approche intégrée de la gestion marine.»