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La pollution des cours d'eau par les matières organiques et phosphorées a nettement diminué depuis une dizaine d'années. Les indices calculés à partir des données des agences de l'Eau montrent une amélioration des paramètres liés aux rejets ponctuels, grâce notamment aux traitements plus performants des stations d'épuration. Du côté des nitrates, la situation reste stable et contrastée géographiquement. C?est ce qui résulte des dernières données publiées par le Service de l'observation et des statistiques (SOeS) du MEDDE. A noter toutefois que les polluants toxiques, ou micropolluants, ne sont pas couverts par ces indicateurs.

Depuis le début des années 70, les cours d'eau font l'objet d'une surveillance régulière sous la responsabilité des agences de l'Eau. Quatre paramètres ont été retenus pour traduire l'état physico-chimique des cours d'eau. Les nitrates, qui proviennent principalement de l'utilisation d'engrais pour l'agriculture, l'ammonium, un indicateur de performance de l'épuration des rejets urbains, les orthophosphates, et la DBO qui correspond à la quantité d'oxygène nécessaire à la dégradation des matières organiques contenues dans l'eau. Reste que si ces 4 paramètres sont emblématiques de l'état physico-chimique des cours d'eau, ils ne sont pas suffisants pour caractériser, à eux seuls, l'état écologique des eaux qui dépend aussi de la biodiversité, de la présence de polluants toxiques ou de micropolluants qui ne sont pas couverts par cette surveillance, du régime hydrique ou encore de de l'état physique du cours d'eau. Les résultats indiquent que la DBO a diminué de moitié sur la période 1998-2012. Cette baisse résulte des meilleures performances des stations d'épuration. Elle s'est toutefois concentrée sur les 10 premières années et reste stable depuis 2008. L?ammonium, autre indicateur de l'efficacité des traitements épuratoires, s'inscrit aussi en forte baisse (-62%), même si ce chiffre doit beaucoup aux faibles pluviométries des années 2003, 2005 et 2011 qui ont abaissé les effets de dilution. De même, les orthophosphates diminuent de près de moitié sur la période, sous l'effet conjugué d'une réduction sensible des apports agricoles et d'une amélioration de la performance des stations d'épuration urbaines. La tendance est moins claire sur les nitrates dont les évolutions varient suivant les bassins. La dégradation se confirme là où les teneurs étaient les plus faibles. A l'inverse, la situation se stabilise, voire s'améliore, là où les concentrations sont élevées. C?est le cas dans l'Ouest, où l'utilisation d'intrants azotés semble avoir diminué. Les bassins de la Seine souffrent quant à eux de teneurs élevées qui augmentent encore. Malgré ces évolutions globalement assez favorables, les efforts restent de mise pour respecter les objectifs de bon état des eaux assignés par la DCE.