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Le rapport sur l'état des rivières publié le 20 mars dernier par l'agence de l'eau Rhône-Méditerranée et Corse livre une photographie intéressante et sans concession de la qualité des cours d'eau et des nappes souterraines sur le bassin.

Ce document, qui repose sur trois millions d'analyses réalisées au cours de l'année 2011 au titre du Schéma National de Données sur l'Eau (SNDE) pour la surveillance des milieux aquatiques, livre plusieurs constats.

Le premier, assez attendu, confirme que seule la moitié des cours d'eau présente un bon état écologique, assez loin de l'objectif de 66% fixé à l'horizon 2015. Sans véritable surprise, les états moyens à mauvais sont principalement situées sur les cours d'eau nord alpins impactés par l'énergie hydraulique, dans les zones où l'agriculture intensive domine (bassin de la Saône, vallée du Rhône) et dans les régions très urbanisées, essentiellement le pourtour méditerranéen.

De là découlent tout naturellement les principales atteintes qui pèsent sur la qualité des cours d'eau.

La première concerne la mise à mal du bon fonctionnement physique des rivières, garant des équilibres dynamiques naturels qui concerne 60 % des cours d'eau en Rhône-Méditerranée et 20% en Corse avec trois points noirs : les modifications de débit, essentiellement dus aux prélèvements, qui touchent le tiers des cours d'eau, les ruptures de continuité écologique et sédimentaire (seuils, barrages) qui concernent 50 % des rivières et les altérations morphologiques qui fragilisent la moitié des rivières et compromettent la reprise de la vie aquatique après une sécheresse ou une pollution.

Le second constat concerne les pollutions par les micropolluants et plus particulièrement les pesticides qui concernent 40% des rivières et 20% des nappes souterraines et dont le rapport constate qu'ils ne reculent pas. Plus grave encore mais pas forcément plus surprenant, 49 substances interdites depuis plusieurs années se retrouvent dans les rivières et 20 dans les eaux souterraines. En cause, des « stocks » toujours présents dans les sols et qui font l'objet de relargages réguliers même après plusieurs années, mais aussi le constat que certains pesticides continuent à être utilisés de façon illicite notamment dans le Beaujolais et le Roussillon.

Autres sources de pollutions, les HAPs qui touchent 99% des sites de surveillance et les PCB, toujours très présents sur près de la moitié des sites surveillés avec une contamination élevée sur les sédiments du Tillet et de la Leysse.

Le troisième constat concerne le recul de la pollution organique dont le rapport de l'agence relève qu'elle a été divisée par 10 en 20 ans. La mise aux normes des stations d'épuration urbaines et industrielles a porté ses fruits : en 20 ans, l'ammonium, paramètre indicateur du niveau de traitement des eaux usées, est passé d'une qualité médiocre à bonne. « Par rapport à 1990, ce sont ainsi 30 tonnes d'ammonium par jour qui transitent en moins à l'aval de Lyon » indique le rapport.

Ainsi donc, avec la dégradation morphologique des cours d'eau et la pollution par les pesticides qui apparaissent aujourd'hui comme les principales menaces qui pèsent sur les cours d'eau et les nappes, ce sont des enjeux qualifiés il y a quelques années encore d'émergents auquel se trouve confronté le bassin Rhône-Méditerranée et Corse.

L’amélioration de la qualité physicochimique des rivières prouve que les politiques publiques sont efficaces et permettent de faire face à des situations jugées parfois très complexes même s'il faut du temps pour arriver à ce résultat. Du temps et de l'abnégation, il en faudra plus encore pour venir à bout de la pollution par les pesticides et régler le problème des PCB.

D’autant que les enjeux qui émergent aujourd'hui - changements climatiques, pénuries d'eau - ne sont pas moins lourds que les enjeux actuels.