Veolia, l’IPMC (CNRS-Université Côte d’Azur), la start-up IAGE et le Bataillon des Marins Pompiers de Marseille (BMPM), poursuivent leur collaboration sur l’optimisation de Vigie Covid-19, permettant de détecter et quantifier de façon très rapide la présence du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Lancée en septembre 2020, cette méthode a permis de détecter et quantifier les variants Alpha, Bêta, Gamma, Delta cet été, et Omicron depuis quelques jours.
Aujourd'hui utilisée de manière expérimentale en complément des données cliniques existantes, la présence du Sars-Cov-2 dans les eaux usées a le potentiel de devenir un nouvel indicateur d'aide à la gestion de la pandémie. Le laboratoire national de référence (LNR) vient dans ce contexte de lancer un processus d’harmonisation et de consolidation des méthodes de surveillance, nominé par les ministères de la Santé et de la Transition écologique.
En Europe, la solution Vigie Covid-19 est la plus
opérationnelle pour la quantification du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Grâce
aux techniques de criblage PCR, elle permet également d’identifier la présence
de mutations connues issues de variants existants du virus et d’évaluer leurs
concentrations. Les procédés de séquençage fournissent ensuite une identification
des mutations ainsi que les proportions des différents variants.
Des avancées
significatives
La campagne
sur le variant Omicron, réalisée par Veolia et ses partenaires au mois de
décembre sur une douzaine de sites municipaux et industriels répartis en
Europe, a permis de poursuivre la mise au point de la solution Vigie Covid-19
et de constater les avancées significatives suivantes :
- · Il suffit de deux semaines pour lancer une campagne
de suivi d’un nouveau variant ;
- · Le criblage PCR d’un échantillon ne nécessite
désormais que quelques heures à une journée ;
- · Le séquençage d’un échantillon prend moins d’une
journée sans mise au point préalable ;
- · Les résultats sont exploitables dès la survenue du
nouveau variant sur un territoire.
« Grâce au succès de cette troisième campagne qui démontre une nouvelle
fois l’efficacité de Vigie Covid-19, nous sommes désormais prêts, en accord
avec nos partenaires, à la mettre à disposition auprès d’un plus grand nombre
d’acteurs. En effet, un déploiement à grande échelle permettrait, en resserrant
le maillage territorial, de croiser ces données avec celles des autorités
sanitaires locales », affirme Philippe Sébérac, Directeur
Expertise Technologique et Scientifique de Veolia. « Notre méthode peut ainsi constituer un excellent complément aux
essais cliniques dans le dispositif de la lutte contre la propagation de
l'épidémie en fournissant des informations lisibles et des dynamiques
cohérentes avec les taux d’incidence rapportées par les autorités sanitaires en
Europe ».
